搜尋
  • Prisma_J

聰明玩Basespace

BaseSpace CLI全名為BaseSpace Command Line Interface

最近Basespace多了指令API

許多生物資訊的自動化都可以在雲平台實現了


動機

Basespace的數據儀表板是實驗人員檢查數據品質的最佳利器,因此許多數據都會接回Basespace上以利實驗人員監視進度或者與原廠討論

而對生資人員而言,Basesapce是一個數據中介儲存空間

通常是為了下機數據而使用

過去沒有大型主機(HPC)時候,數據是從Basespace下載回本機端分析 然而數據量越來越大,本機效能有限的狀況下 開始有定序結果從Basespace下載進大型主機需求 而初代Basespace並沒有指令模式,遇到指令介面的HPC就沒轍了

要麻煩地從Basespace下載進本機再上傳到HPC

而Basespace提供CLI工具可以解決這樣的問題

Basespace CLI usage scenario

解決辦法

鑒於一般Basespace都是使用者介面進行操作

而BaseSpace™ Command Line Interface (CLI)可以用命令來執行工作


這樣的好處在於

1.可在文字介面下執行命令

2.可以撰寫腳本以自由安排任務



BaseSpace CLI 操作示範

安裝 BaseSpace Sequence Hub CLI

# Linux
wget "https://api.bintray.com/content/basespace/BaseSpaceCLI-EarlyAccess-BIN/latest/\$latest/amd64-linux/bs?bt_package=latest" -O $HOME/bin/bs
# Mac
wget "https://api.bintray.com/content/basespace/BaseSpaceCLI-EarlyAccess-BIN/latest/\$latest/amd64-osx/bs?bt_package=latest" -O $HOME/bin/bs
# Windows
wget  "https://api.bintray.com/content/basespace/BaseSpaceCLI-EarlyAccess-BIN/latest/\$latest/amd64-windows/bs.exe?bt_package=latest" -O bs.exe

本次案例以Window版本為例

直接在瀏覽器中輸入網址即可得到bs.exe檔案

點我下載bs.exe


認證Authenticate

打開CMD並找到bs.exe 並執行指令

bs.exe auth --force

參數forece在 第一次執行可以省略,這是因為電腦本來就有認證檔

需要強迫執行取代之前的認證紀錄


按照上圖說明前往該網站,並輸入帳號及密碼


用指令執行下載任務

如果我要下載DVT_093_SD_CCP_Manual專案,網址如下

https://basespace.illumina.com/run/193511386/DVT_093_SD_CCP_Manual/details

請記住run id是193511386

以下指令會將run id 193511386 下載到E:\

bs.exe run download --id 193511386 -o E:\

恭喜你完成第一項下載任務

仔細看下載結果,除fastq外,整個BCL及SAV所需數據都下載了


更多:

透過Basespace CLI可以自製APP

這部分需要更多測試,等有好結果再跟大家分享


參考資料:

[1] https://developer.basespace.illumina.com/docs/content/documentation/cli/cli-overview

https://www.youtube.com/watch?v=WLAjo9aT7Ms




Ⓒ 2020 BY PRISMA BIOTECH. ALL RIGHTS RESERVED.

瑞林生物科技股份有限公司

​Prisma Biotech Corporation