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TGex 使用者案例解析

TGex強化變異解讀研究及濃縮可能見解，底下是一篇研究論文

PREPL Deficiency: A Homozygous Splice Site PREPL Mutation in a Patient With Congenital Myasthenic Syndrome and Absence of Ovaries and Hypoplasia of Uterus

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7078161/


Congenital Myasthenic Syndrome

重症肌無力

是慢性的神經肌肉疾病，會造成不同程度的肌肉無力。最常影響眼部、臉部及吞嚥相關的肌肉。
會造成復視、眼瞼下垂、說話困難及行走困難等症狀。
  --節自wiki [重症肌無力]

Case

14歲女性，DNA進行Exome 捕獲後，在Hiseq2500 platform定序。

二級分析採GATK pipeline在hg19參考序列上進行分析

後續在TGex分析平台以下面標準進行篩選及Phenotype關鍵字篩選


“Rare deleterious” mutations were defined as those that met the following criteria:

  • They led to a stop-gain, stop-loss, non-synonymous, frameshift or splice-site mutation.

  • Their alternative allele frequencies were each equal to or <0.5% in the gnomAD database.








結果

藉由TGex分析，從原先1千多個變異篩選至8變異 ,6基因









TGex分析原則包含, 1.homozygous, 2. ACMG guildline為有害, 3.基因功能與表現型有關


作者選出的變異為PREPL c.616 + 1G > T，位置在選擇性剪切位置上

經驗上選擇性剪切位點是較難解讀結果


從ACMG Guildline的評分上看到

PM2: 在族群資料庫中同型合子(Hom)頻率為0

PVS1: 預測為失去功能(Loss of function)









判讀為Likely pathogenic 變異

PREPL基因功能與病人表現型Hypotonia有關


驗證

ACMG判讀為可能有害+蛋白質功能與性狀有關


因此後續論文採取cDNA sequening驗證此變異造成選擇性剪切異常

我們看到父母在cDNA有兩種選擇性剪切(Het)

而病人只帶有異常剪切(Hom)

(co-segregated)









結論

藉由基因分析的三級分析平台TGex

我們可以一目了然ACMG評分標準基準

此外phenotype HPO的證據可以幫助我們進一步找出可能致病原因


參考資料

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7078161/