- Prisma_J
TGex 使用者案例解析
TGex強化變異解讀研究及濃縮可能見解，底下是一篇研究論文
PREPL Deficiency: A Homozygous Splice Site PREPL Mutation in a Patient With Congenital Myasthenic Syndrome and Absence of Ovaries and Hypoplasia of Uterus
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7078161/
Congenital Myasthenic Syndrome
重症肌無力
是慢性的神經肌肉疾病，會造成不同程度的肌肉無力。最常影響眼部、臉部及吞嚥相關的肌肉。 會造成復視、眼瞼下垂、說話困難及行走困難等症狀。 --節自wiki [重症肌無力]
Case
14歲女性，DNA進行Exome 捕獲後，在Hiseq2500 platform定序。
二級分析採GATK pipeline在hg19參考序列上進行分析
後續在TGex分析平台以下面標準進行篩選及Phenotype關鍵字篩選
“Rare deleterious” mutations were defined as those that met the following criteria:
They led to a stop-gain, stop-loss, non-synonymous, frameshift or splice-site mutation.
Their alternative allele frequencies were each equal to or <0.5% in the gnomAD database.
結果
藉由TGex分析，從原先1千多個變異篩選至8變異 ,6基因
TGex分析原則包含, 1.homozygous, 2. ACMG guildline為有害, 3.基因功能與表現型有關
作者選出的變異為PREPL c.616 + 1G > T，位置在選擇性剪切位置上
經驗上選擇性剪切位點是較難解讀結果
從ACMG Guildline的評分上看到
PM2: 在族群資料庫中同型合子(Hom)頻率為0
PVS1: 預測為失去功能(Loss of function)
判讀為Likely pathogenic 變異
PREPL基因功能與病人表現型Hypotonia有關
驗證
ACMG判讀為可能有害+蛋白質功能與性狀有關
因此後續論文採取cDNA sequening驗證此變異造成選擇性剪切異常
我們看到父母在cDNA有兩種選擇性剪切(Het)
而病人只帶有異常剪切(Hom)
(co-segregated)
結論
藉由基因分析的三級分析平台TGex
我們可以一目了然ACMG評分標準基準
此外phenotype HPO的證據可以幫助我們進一步找出可能致病原因