
非編碼區域CNV變異如何在TGex上解讀
動機: 要解讀WGS時,許多學者都會遇到一個共同問題 非編碼區域怎麼解讀 非編碼區域無法轉錄出蛋白質,因此變異的功能探討遇到限制 而TGEX在非編碼區域有獨到的作法,這次用非編碼區域的CNV數據分析做為例子討論
介紹: 首先TGEX分析CNV仍用到常規的註解資訊 CNV紀錄的變異會用表格呈現,欄位分別為: 1.位置/長度, 2. Duplicatioin/Deletion, 3. 拷貝套數,
4. 參與基因數/調控區域數, 5.表現型分數, 6. 分析品質 , 7. 人群資料庫 這些欄位都是CNV註解時常見的數據

點進變異後可以看到與此CNV有關的基因(圖B)
除了CNV覆蓋的基因外,TGEX用到獨到的GeneHancer數據
在Enhancer上的變異會影響到下游基因表達
因此非編碼區的CNV可以藉由Enancer連接基因的關係,再進一步進行表現型評分

下圖範例可以解釋Enhancer如何調控下游基因[2]
事實上DNA有三級結構,遠方的調控區域結合調控因子會調控附近(上游或下游)的基因表達
基於這樣機制,驗證方式可以藉由基因編輯來觀察表達變化

選擇出變異後,再藉由TGex中GeneHancer上的論文註解證據給醫師
最後輸出成報告

參考資料:
[1] Dahary, Dvir, et al. "Genome analysis and knowledge-driven variant interpretation with TGex." BMC medical genomics 12.1 (2019): 1-17.
[2] Marand, Alexandre P., et al. "Towards genome-wide prediction and characterization of enhancers in plants." Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Gene Regulatory Mechanisms 1860.1 (2017): 131-139.