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非編碼區域CNV變異如何在TGex上解讀

動機: 要解讀WGS時,許多學者都會遇到一個共同問題 非編碼區域怎麼解讀 非編碼區域無法轉錄出蛋白質,因此變異的功能探討遇到限制 而TGEX在非編碼區域有獨到的作法,這次用非編碼區域的CNV數據分析做為例子討論


介紹: 首先TGEX分析CNV仍用到常規的註解資訊 CNV紀錄的變異會用表格呈現,欄位分別為: 1.位置/長度, 2. Duplicatioin/Deletion, 3. 拷貝套數,

4. 參與基因數/調控區域數, 5.表現型分數, 6. 分析品質 , 7. 人群資料庫 這些欄位都是CNV註解時常見的數據


點進變異後可以看到與此CNV有關的基因(圖B)

除了CNV覆蓋的基因外,TGEX用到獨到的GeneHancer數據

在Enhancer上的變異會影響到下游基因表達

因此非編碼區的CNV可以藉由Enancer連接基因的關係,再進一步進行表現型評分


下圖範例可以解釋Enhancer如何調控下游基因[2]

事實上DNA有三級結構,遠方的調控區域結合調控因子會調控附近(上游或下游)的基因表達

基於這樣機制,驗證方式可以藉由基因編輯來觀察表達變化


選擇出變異後,再藉由TGex中GeneHancer上的論文註解證據給醫師

最後輸出成報告


若各位對CNV或TGex有興趣 歡迎聯絡瑞林生技


參考資料:

[1] Dahary, Dvir, et al. "Genome analysis and knowledge-driven variant interpretation with TGex." BMC medical genomics 12.1 (2019): 1-17.

[2] Marand, Alexandre P., et al. "Towards genome-wide prediction and characterization of enhancers in plants." Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Gene Regulatory Mechanisms 1860.1 (2017): 131-139.



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